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Rédaction & Soutenance de thèse

La préparation du dossier administratif de soutenance de thèse exige la même rigueur que la préparation de la thèse elle-même. Celle-ci ne peut pas être réalisée dans l'urgence. Les conditions d’autorisation de soutenance sont présentées dans le règlement intérieur de l’Ecole Doctorale.

Les doctorantes et doctorants doivent se référer aux dispositions propres à l'établissement d'inscription (cf. encadré) pour débuter la demande de soutenance depuis l'interface ADUM.

Les prérequis de l'ED pour la soutenance de thèse sont : 
  • Que la doctorante ou le doctorant se soit conformé.e aux obligations en matière de formation   
Rappel : prérequis de 80h minimum de formations complémentaires dont la formation à l’intégrité scientifique et à l’éthique de la recherche

Les demandes de validation, d'équivalence et de dispense doivent être établies en amont de la demande de soutenance de manière à ce que le bilan des formations disponibles sur ADUM soit à jour.

  • Que le travail de préparation de doctorat réponde à une des deux options suivantes :
    • Option n° 1 : au moins une publication en 1er auteur acceptée ou en revue (under review) dans une revue internationale et dont le manuscrit est accessible en accès ouvert. La ou les publications doivent traiter du sujet de thèse.
    • Option n° 2 : un article en 1er auteur non encore publié mais disponible en preprint et une publication acceptée sous forme de Registered Report ou de Data Paper. Ces documents doivent traiter du sujet de thèse.
Le document récapitulatif des publications issues du travail de thèse devra être complété et déversé sur ADUM lors de la mise en place de la soutenance de thèse.

  

Consulter la FAQ

Comment mettre mon manuscrit en accès ouvert ?
Il y a deux possibilités :

• la revue dans laquelle l’article est publié est une revue en accès ouvert : dans ce cas il n’y a rien à faire de plus l’article sera accessible par toute personne intéressée. Un annuaire des journaux en accès ouvert est disponible ici : https://www.doaj.org

• l’article n’est pas encore publié ou bien la revue n’est pas en accès ouvert : dans ce cas, il est possible de déposer le manuscrit (avant publication!) sur une archive en ligne publique comme arXiv, BiorXiv, PsyArXiv, MedRxiv, ou encore sur le site institutionnel français HAL.

Combien ça coûte ?
Là aussi cela dépend du site :

• sur les sites d’archives publiques ou institutionnels : aucun coût

• pour les revues en open access : quelques-unes sont gratuites (modèle Diamant, par exemple PeerCommunity), mais d’autres font payer des frais d’édition par article (« article processing charge », APC). L’annuaire DOAJ permet de filtrer les journaux selon ce critère. Certains journaux sur abonnement (notamment parmi les plus réputés) fonctionnent avec un système « hybride » : ils ne sont pas « ouverts » mais font payer des frais supplémentaires aux auteurs pour mettre un nouvel article en « accès ouvert ». Choisir cette solution revient à payer deux fois (abonnement et accès ouvert), et il est alors préférable de mettre le « manuscrit auteur-accepté » sur une archive ouverte (HAL, BiorXiv, …) sachant que la revue impose parfois un embargo qui ne peut excéder 6 mois (mais voir ici comment éviter cet embargo).

• à noter que certains éditeurs passent des « transformative agreements » avec des institutions pour baisser le coût de publication par article (qui est en fait directement payé par l’institution). Par exemple cet accord entre Couperin (un consortium d’institutions universitaires et de recherche françaises) et l’éditeur Wiley. Ce type d’accord n’est pas encore très fréquent mais il faut les surveiller.

Mon travail de thèse ne sera-t-il pas dévalorisé si diffusé en open-access ?
Une crainte fréquente de la publication en accès ouvert est que ces journaux sont moins sélectifs et exigeants sur le contenu des articles et que l’on peut moins faire confiance à leur contenu. Or s’il y a effectivement des journaux dits « prédateurs » dont le but est uniquement d’attirer des gens prêts à payer pour être publiés, il y a aussi des revues en accès ouvert qui font du très bon travail de revue par les pairs. Certaines sont même de très grande qualité comme PLOS Biology ou eLife. Quelle que soit la revue c’est à l’auteur d’être attentif à la réputation de la revue et à ce qu’il y trouve généralement (B!son est un exemple d’outil aidant à choisir un journal adapté et de qualité). A noter que, si l’on ne souhaite pas se restreindre à des journaux open-access, la diffusion du manuscrit avant publication sur des archives ouvertes reste un moyen simple et efficace de diffuser son travail à tous (voir ci-dessus).

Qu'est-ce qu'un registered report ?
Un registered report est un article qui est soumis avec uniquement l’introduction et les méthodes. Le processus de peer-reviewing ne portera donc que sur son intérêt scientifique et la qualité attendue des expériences et des analyses. Attention, cela nécessite un travail important pour décrire avec beaucoup de détails le protocole, les analyses et les statistiques qui seront faites. Une fois le registered report accepté, il faut faire les expériences et analyses prévues, et après vérification que le plan expérimental a bien été suivi, la revue publiera les résultats quels qu’ils soient, sans autre demande. Il est donc bien plus facile de publier des résultats qui s’avère finalement négatifs avec ce type d’article. A noter que les registered reports sont aujourd’hui plus adaptés aux expériences qui ont des hypothèses précises à tester, mais qu’une observation inattendue au cours de l’expérience pourra être publiée dans le registered report dans une section spéciale qui précisera que l’on sort du plan expérimental prévu. Voilà quelques exemples de journaux généralistes proposant ce type de publication : Nature Communications, PLOS Biology, eNeuro, PLOS One, Scientific Reports (liste plus complète ici)

Qu'est-ce qu'un data paper ?
Un data paper est un article, revu par les pairs et publié dans une revue classique, qui décrit un jeu de données généralement en accès ouvert. Mettre en forme des données, les nettoyer et fournir des métadonnées exhaustives demande un effort conséquent qui est alors valorisé par ce type de publication. Toute personne utilisant ultérieurement les données pourra citer le data paper.
Voilà quelques exemples de journaux proposant ce type de publication : Scientific Data, GigaScience (liste plus complète ici)

Comment en savoir plus sur la science ouverte ?
• Sur le site du gouvernement : le Passeport science ouverte, un guide simple et concis à l’usage des doctorants, et plus généralement le site Ouvrir la science
• Une autre FAQ sur les publications en accès ouvert ici
• Une autre FAQ sur les preprints ici
• Une autre FAQ sur les registered reports ici
• Une autre FAQ sur les data paper ici
• Une liste mise à jour des journaux probablement « prédateurs » : Beall’s list

Langue de rédaction et soutenance

La norme pour la rédaction du mémoire de thèse est la langue française. Toutefois, la rédaction en langue anglaise peut être autorisée selon les règles stipulées par l'université.

Pour les thèses en cotutelle ou avec le label européen, se référer aux textes et conventions en vigueur.

Dans tous les cas, il vous faut impérativement consulter les règles propres à chaque établissement.

Choix de la date et du lieu de soutenance

C’est au directeur de thèse de proposer une date prévisionnelle de soutenance, et ce, au moins 2 mois avant l’échéance.
Rappelons qu’une inscription pour l’année universitaire N-1/N implique que la soutenance doit se dérouler au plus tard le 31 décembre de l’année en cours. Une soutenance à partir du 1er janvier de l’année N+1 impose une réinscription en thèse pour l’année.
Pour une inscription en 4ième année, une procédure de dérogation est mise en place.
Le lieu de la soutenance est l'établissement d'inscription, sauf disposition particulière validée par le chef d'établissement (s'adresser au service des études doctoranes de votre établissement pour faire valider éventuellement un lieu hors établissement). Dans le cadre d'une thèse en cotutelle, le lieu de la soutenance est arrêté d'un commun accord dans la convention de cotutelle.

Composition du jury

Une proposition de jury doit être soumise au président ou au directeur de l’établissement d’inscription après avis de la direction de l'école doctroale. Cette proposition émane du directeur de thèse et peut être formulée en même temps que la proposition des rapporteurs.
La composition d’un jury de thèse obéit à des règles précises définies par l'Université.
Votre établissement peut également avoir des exigences spécifiques en matière de composition du jury. Contactez-le pour plus d’information.
Une fois ces vérifications faites, et les rapports reçus, la Direction de l’établissement peut signer l'autorisation de soutenance, qui permet alors l'édition de l’avis de soutenance et la convocation des membres du jury.