La publication d’un article dans une revue internationale à comité de lecture est un pré-requis à l’autorisation de soutenance (voir les règles précises sur la page dédiée à la préparation de la soutenance).
Plus largement, l’école doctorale s’inscrit dans une démarche de promotion des pratiques de « Science ouverte », conforme au deuxième plan national pour la science ouverte aux politiques des établissements tutelles en matière de Science ouverte (voir ici : Lyon 1 et Lyon 2).
La démarche « Science ouverte » de l’École doctorale NSCo s’articule autour de deux axes :
i) Dépôt obligatoire d’une version du manuscrit de publication sur une archive ouverte, en application de la politique éditoriale de la revue (version soumise/acceptée/publiée selon les cas – à contrôler sur le site Sherpa Romeo) ;
ii) Encouragement aux principes FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable) par la mise à disposition des données, codes d’analyse, enregistrement de protocoles, etc.
Cette page propose une courte FAQ autour des critères de « science ouverte » requis pour obtenir l’autorisation de soutenance à l’école doctorale NSCo. Elle répond à quelques questions générales que l’on peut se poser pour chacune des 2 options.
Plus largement, l’école doctorale s’inscrit dans une démarche de promotion des pratiques de « Science ouverte », conforme au deuxième plan national pour la science ouverte aux politiques des établissements tutelles en matière de Science ouverte (voir ici : Lyon 1 et Lyon 2).
La démarche « Science ouverte » de l’École doctorale NSCo s’articule autour de deux axes :
i) Dépôt obligatoire d’une version du manuscrit de publication sur une archive ouverte, en application de la politique éditoriale de la revue (version soumise/acceptée/publiée selon les cas – à contrôler sur le site Sherpa Romeo) ;
ii) Encouragement aux principes FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable) par la mise à disposition des données, codes d’analyse, enregistrement de protocoles, etc.
Cette page propose une courte FAQ autour des critères de « science ouverte » requis pour obtenir l’autorisation de soutenance à l’école doctorale NSCo. Elle répond à quelques questions générales que l’on peut se poser pour chacune des 2 options.
Comment mettre mon manuscrit en accès ouvert ?
Il y a deux possibilités :
• la revue dans laquelle l’article est publié est une revue en accès ouvert : dans ce cas il n’y a rien à faire de plus l’article sera accessible par toute personne intéressée. Un annuaire des journaux en accès ouvert est disponible ici : https://www.doaj.org
• l’article n’est pas encore publié ou bien la revue n’est pas en accès ouvert : dans ce cas, il est possible de déposer le manuscrit (avant publication!) sur une archive en ligne publique comme arXiv, BiorXiv, PsyArXiv, MedRxiv, ou encore sur le site institutionnel français HAL.
Combien ça coûte ?
Là aussi cela dépend du site :
• sur les sites d’archives publiques ou institutionnels : aucun coût
• pour les revues en open access : quelques-unes sont gratuites (modèle Diamant, par exemple PeerCommunity), mais d’autres font payer des frais d’édition par article (« article processing charge », APC). L’annuaire DOAJ permet de filtrer les journaux selon ce critère. Certains journaux sur abonnement (notamment parmi les plus réputés) fonctionnent avec un système « hybride » : ils ne sont pas « ouverts » mais font payer des frais supplémentaires aux auteurs pour mettre un nouvel article en « accès ouvert ». Choisir cette solution revient à payer deux fois (abonnement et accès ouvert), et il est alors préférable de mettre le « manuscrit auteur-accepté » sur une archive ouverte (HAL, BiorXiv, …) sachant que la revue impose parfois un embargo qui ne peut excéder 6 mois (mais voir ici comment éviter cet embargo).
• à noter que certains éditeurs passent des « transformative agreements » avec des institutions pour baisser le coût de publication par article (qui est en fait directement payé par l’institution). Par exemple cet accord entre Couperin (un consortium d’institutions universitaires et de recherche françaises) et l’éditeur Wiley. Ce type d’accord n’est pas encore très fréquent mais il faut les surveiller.
• sur les sites d’archives publiques ou institutionnels : aucun coût
• pour les revues en open access : quelques-unes sont gratuites (modèle Diamant, par exemple PeerCommunity), mais d’autres font payer des frais d’édition par article (« article processing charge », APC). L’annuaire DOAJ permet de filtrer les journaux selon ce critère. Certains journaux sur abonnement (notamment parmi les plus réputés) fonctionnent avec un système « hybride » : ils ne sont pas « ouverts » mais font payer des frais supplémentaires aux auteurs pour mettre un nouvel article en « accès ouvert ». Choisir cette solution revient à payer deux fois (abonnement et accès ouvert), et il est alors préférable de mettre le « manuscrit auteur-accepté » sur une archive ouverte (HAL, BiorXiv, …) sachant que la revue impose parfois un embargo qui ne peut excéder 6 mois (mais voir ici comment éviter cet embargo).
• à noter que certains éditeurs passent des « transformative agreements » avec des institutions pour baisser le coût de publication par article (qui est en fait directement payé par l’institution). Par exemple cet accord entre Couperin (un consortium d’institutions universitaires et de recherche françaises) et l’éditeur Wiley. Ce type d’accord n’est pas encore très fréquent mais il faut les surveiller.
Mon travail de thèse ne sera-t-il pas dévalorisé si diffusé en open-access ?
Une crainte fréquente de la publication en accès ouvert est que ces journaux sont moins sélectifs et exigeants sur le contenu des articles et que l’on peut moins faire confiance à leur contenu. Or s’il y a effectivement des journaux dits « prédateurs » dont le but est uniquement d’attirer des gens prêts à payer pour être publiés, il y a aussi des revues en accès ouvert qui font du très bon travail de revue par les pairs. Certaines sont même de très grande qualité comme PLOS Biology ou eLife. Quelle que soit la revue c’est à l’auteur d’être attentif à la réputation de la revue et à ce qu’il y trouve généralement (B!son est un exemple d’outil aidant à choisir un journal adapté et de qualité). A noter que, si l’on ne souhaite pas se restreindre à des journaux open-access, la diffusion du manuscrit avant publication sur des archives ouvertes reste un moyen simple et efficace de diffuser son travail à tous (voir ci-dessus).
Qu'est-ce qu'un registered report ?
Un registered report est un article qui est soumis avec uniquement l’introduction et les méthodes. Le processus de peer-reviewing ne portera donc que sur son intérêt scientifique et la qualité attendue des expériences et des analyses. Attention, cela nécessite un travail important pour décrire avec beaucoup de détails le protocole, les analyses et les statistiques qui seront faites. Une fois le registered report accepté, il faut faire les expériences et analyses prévues, et après vérification que le plan expérimental a bien été suivi, la revue publiera les résultats quels qu’ils soient, sans autre demande. Il est donc bien plus facile de publier des résultats qui s’avère finalement négatifs avec ce type d’article. A noter que les registered reports sont aujourd’hui plus adaptés aux expériences qui ont des hypothèses précises à tester, mais qu’une observation inattendue au cours de l’expérience pourra être publiée dans le registered report dans une section spéciale qui précisera que l’on sort du plan expérimental prévu. Voilà quelques exemples de journaux généralistes proposant ce type de publication : Nature Communications, PLOS Biology, eNeuro, PLOS One, Scientific Reports (liste plus complète ici)
Qu'est-ce qu'un data paper ?
Un data paper est un article, revu par les pairs et publié dans une revue classique, qui décrit un jeu de données généralement en accès ouvert. Mettre en forme des données, les nettoyer et fournir des métadonnées exhaustives demande un effort conséquent qui est alors valorisé par ce type de publication. Toute personne utilisant ultérieurement les données pourra citer le data paper.
Voilà quelques exemples de journaux proposant ce type de publication : Scientific Data, GigaScience (liste plus complète ici)
Voilà quelques exemples de journaux proposant ce type de publication : Scientific Data, GigaScience (liste plus complète ici)
Pour aller plus loin :
Comment en savoir plus sur la science ouverte ?
• Sur le site du gouvernement : le Passeport science ouverte, un guide simple et concis à l’usage des doctorants, et plus généralement le site Ouvrir la science
• Une autre FAQ sur les publications en accès ouvert ici
• Une autre FAQ sur les preprints ici
• Une autre FAQ sur les registered reports ici
• Une autre FAQ sur les data paper ici
• Une liste mise à jour des journaux probablement « prédateurs » : Beall’s list
• Une autre FAQ sur les publications en accès ouvert ici
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• Une autre FAQ sur les registered reports ici
• Une autre FAQ sur les data paper ici
• Une liste mise à jour des journaux probablement « prédateurs » : Beall’s list